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docs:modular_manual [2019/06/17 21:12]
Melissa Glidewell [Phase 1] 		docs:modular_manual [2022/08/25 07:03]
Jon Daniels [Filters and Mirrors]
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 <WRAP left round info 50%> <WRAP left round info 50%>
-Notice: It is very easy to warp dichroic mirrors; only lightly tighten the retaining clip of the D-CUBE.  +Notice: It is easy to warp dichroic mirrors enough to induce aberrations; only lightly tighten the retaining clip of the D-CUBE.  
 </WRAP> </WRAP>
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 ===== Beam position ===== ===== Beam position =====
-We are concerned with getting both the beam position and angle correct. Fortunately, the adjustments to do so are mostly independent of each other. <tabref what_affects_what> can be derived by understanding the light path.\\ +We are concerned with getting both the beam position and angle correct, along with getting both objectives "looking" at the same place. Fortunately, the adjustments to do so are mostly independent of each other. <tabref what_affects_what> can be derived by understanding the light path.\\ 
  
 <tabcaption what_affects_what| How alignment adjustments affect the beam position and angle.> <tabcaption what_affects_what| How alignment adjustments affect the beam position and angle.>
 ^ Adjustment                            ^ Position?        ^ Angle?          ^ Comments                                                                                                                                                                                                                                                                                      ^ ^ Adjustment                            ^ Position?        ^ Angle?          ^ Comments                                                                                                                                                                                                                                                                                      ^
-| Tilt of dichroic mirror               | Some             | Yes             | Position effect varies ((The dichroic tilt affects the angle at which the beam enters the back focal plane as well as the beam position at the back focal plane. It is possible to compensate by adjusting the scan center but we usually adjust the camera mirrors to compensate instead.))  | +| Tilt of dichroic mirror (Cube-III)              | Some             | Yes             | Position effect usually small ((The dichroic tilt affects the angle at which the beam enters the back focal plane as well as the beam position at the back focal plane. It is possible to compensate by adjusting the scan center but we usually adjust the camera mirrors to compensate instead.))  | 
-| Tilt of camera mirror                 | Yes              | No              | Set during scanner alignment and not after                                                                                                                                                                                                                                                    | +| Tilt of camera mirror (Cube-III)                | Yes              | No              | Set during scanner alignment and not after                                                                                                                                                                                                                                                    | 
-| Position of upper Z stage             | No               | No              | Angle varies if scanners are not connected to dichroic tubes                                                                                                                                                                                                                                  |+| Z position of SPIM head             | No               | No              |                                                                                                                                                                                                                                   |
 | Objective bushing (focus)             | Maybe minor      | Maybe minor     | If the bushing isn't perfectly concentric then slight movements can occur but this isn't usually a problem                                                                                                                                                                                    | | Objective bushing (focus)             | Maybe minor      | Maybe minor     | If the bushing isn't perfectly concentric then slight movements can occur but this isn't usually a problem                                                                                                                                                                                    |
 | Linear objective adjustment           | Yes              | Maybe minor     |                                                                                                                                                                                                                                                                                               | | Linear objective adjustment           | Yes              | Maybe minor     |                                                                                                                                                                                                                                                                                               |
-| <del>Tilt of adjustable mirror</del>  | <del>Some</del>  | <del>Yes</del>  | <del>Set during scanner alignment and not after</del>                                                                                                                                                                                                                                         | +| <del>Tilt of adjustable mirror</del>  | <del>Some</del>  | <del>Yes</del>  | <del>Set during scanner alignment, not user-adjustable</del>                                                                                                                                                                                                                                         | 
-| <del>Tilt of main micro-mirror</del>  | <del>Yes</del>   | <del>No</del>   | <del>Set during scanner alignment and not after</del>                                                                                                                                                                                                                                         |+| <del>Tilt of main micro-mirror</del>  | <del>Yes</del>   | <del>No</del>   | <del>Set during scanner alignment, not user-adjustable</del>                                                                                                                                                                                                                                         |
 </tabcaption> </tabcaption>
  

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